El reciente fallo consideró varios crímenes, incluyendo la matanza de presuntos guerrilleros de Sendero Luminoso que ocurrió en Barrios Altos (1991), donde quince personas fueron asesinadas y otras cuatro fueron gravemente heridas por un escuadrón de la muerte clandestino, y la masacre de La Cantuta, donde nueve estudiantes y un profesor universitario fueron torturados y asesinados antes de que sus cuerpos fueran destruidos y hechos desaparecer en las dunas de arena de las afueras de Lima (1992). También en 1992, la policía secreta secuestró al periodista Gustavo Gorriti y al empresario Samuel Dyer y los mantuvo cautivos en el sótano del Servicio de Inteligencia del Ejército durante el llamado auto-golpe. Aunque las matanzas y secuestros fueron cometidos por un escuadrón de la muerte paramilitar llamado Grupo Colina, Fujimori fue condenado por haber tenido conocimiento de las acciones y por haberlas autorizado a través de su jefe de espías Vladimiro Montesinos.
Cuando su gobierno colapsó en el año 2000 a causa de las acusaciones de corrupción, Fujimori huyó a Japón -el país de origen de sus padres. Allí pudo evitar la extradición durante casi una década debido a que el gobierno japonés le reconoció su ciudadanía. Recién cuando viajó a Chile, en el año 2005, Fujimori fue detenido bajo arresto domiciliario para luego ser extraditado a Perú, en el año 2006.
En abril de 2007, después de un juicio que duró quince meses, la Sala Penal Especial presidida por el magistrado César San Martín condenó a Fujimori por el hecho -que él niega- de ser el “autor mediato de los delitos de homicidio calificado y lesiones graves” y lo sentenció a veinticinco años de prisión. Esta histórica condena significó “la primera vez que un líder latinoamericano democráticamente electo fue hallado culpable de abusos contra los derechos humanos en su propio país.”
Fujimori, de 71 años, está cumpliendo simultáneamente otras tres condenas a prisión: una sentencia a seis años por abuso de poder desde el año 2007, siete años y medio por haber pagado quince millones de dólares a Montesinos con dinero del estado y por escuchas telefónicas y sobornos generalizados a periodistas, empresarios y opositores políticos.
En noviembre del año 2009, César Nakazaki -el abogado de Fujimori- solicitó la revocación de la sentencia por abusos a los derechos humanos y la anulación de la condena por los secuestros de La Cantuta. A pesar de que una ley promulgada en el año 2006 sostiene que ni la amnistía ni el indulto presidencial pueden otorgarse a un condenado por secuestro (Ley 28760), Nakazaki argumentó que no había evidencia suficiente que demostrara que Fujimori fuera culpable de ordenar los mismos.
La sentencia (R.N. Nº 19-01-2009-A.V) fue ratificada por la Primera Sala Penal Transitoria de la Corte Suprema de Justicia, presidida por el Juez Supremo Titular Duberlí Rodríguez y conformada además por los doctores Julio Biaggi Gómez, Elvia Barrios Alvarado, Roberto Barandiarán Dempwolf y José Neyra Flores. La Corte confirmó por unanimidad la condena por asesinato y la sentencia a veinticinco años de prisión. Los cargos por secuestro fueron ratificados por el voto de la mayoría, pero el magistrado Julio Enrique Biaggi confirmó los daños y pagos compensatorios aunque disintió al considerar que existió secuestro simple en lugar de secuestro agravado. La sentencia también ratificó la calificación de las masacres como crímenes contra la humanidad.
La pena de prisión impuesta a Fujimori incluye el tiempo que pasó en custodia y bajo arresto domiciliario en Chile entre los años 2005 y 2006, por lo que esta sentencia será efectiva hasta el 10 de febrero de 2032. Fujimori no puede ser indultado pero después de pasar en prisión diecinueve años (tres cuartos de su sentencia) tendrá permitido, a los 90 años, acortar su condena un día por cada siete días de trabajo que realice en prisión. Actualmente se encuentra detenido al norte de Lima, en las instalaciones de la Dirección de Operaciones Especiales de la Policía Nacional.
Los magistrados también ordenaron a Fujimori pagar 62,400 soles (22, 285 dólares estadounidenses) a Marcelino Marcos Pablo Meza, a Carmen Juana Marinos Figueroa y a otros veintiún familiares de las víctimas.
La diputada Keiko Fujimori, hija de Alberto Fujimori, dijo que un recurso de hábeas corpus iba a ser presentado ante la Corte. Sin embargo, la reciente decisión del tribunal hace improbable un futuro indulto basado en la edad o la salud del ex-presidente.
Nakazaki manifestó que continuarán “luchando por la anulación de la sentencia” y que si “alguien le va a hacer justicia a Fujimori, esa justicia tenemos que buscarla en otro Poder Judicial recompuesto o, si no, a nivel del Tribunal Constitucional.” Sin embargo, el 5 de enero, el presidente del Tribunal Constitucional Juan Vergara declaró que una decisión de la Corte Suprema no puede ser modificada por el Tribunal Constitucional.